肾结石分以肾盂最为常见，肾盏次之，肾实质罕见。肾盏结石多位于下肾盏，双侧肾结石不到10%。结石可引起肾盂肾盏损伤、感染和阻塞。
 
上述改变导致上皮脱落产生溃疡，最终有瘢痕形成。

结石引起的阻塞多为不完全性，尿液经结石周围注入输尿管，但可有肾盂扩大、肾盂壁肥厚和纤维化。

若结石嵌顿于肾盂、输尿管交界处或输尿管，则产生肾盂积水，肾盂扩大、肾皮质萎缩及破坏，并可发生肾盂积脓。结石还可和肾盂鳞状细胞癌同时存在。